################################################### ### chunk number 1: ################################################### data(galaxies, package="MASS") galaxies[78]<-26960 gal<-as.data.frame(galaxies) rm(galaxies) ################################################### ### chunk number 2: ################################################### gal$v1000<- gal$galaxies/1000 gal$v1000 ################################################### ### chunk number 3: ################################################### library(npmlreg) ################################################### ### chunk number 4: ################################################### glm(v1000~1,data=gal) ################################################### ### chunk number 5: ################################################### (galaxy.np1 <- alldist(v1000~1,random=~1,random.distribution='np',k=1,data=gal)) ################################################### ### chunk number 6: ################################################### galaxy.np1$dev ################################################### ### chunk number 7: ################################################### (galaxy.np2 <- alldist(v1000~1,random=~1,random.distribution='np',k=2,data=gal)) (galaxy.np3 <- alldist(v1000~1,random=~1,random.distribution='np',k=3,data=gal)) (galaxy.np4 <- alldist(v1000~1,random=~1,random.distribution='np',k=4,data=gal)) ################################################### ### chunk number 8: ################################################### plot(galaxy.np4, plot.opt=3) ################################################### ### chunk number 9: ################################################### (galaxy.np5 <- alldist(v1000~1,random=~1,k=5,data=gal, verbose=FALSE))$disp (galaxy.np6 <- alldist(v1000~1,random=~1,k=6,tol=0.2,data=gal,verbose=FALSE))$disp (galaxy.np7 <- alldist(v1000~1,random=~1,k=7,tol=0.12,data=gal,verbose=FALSE))$disp (galaxy.np8 <- alldist(v1000~1,random=~1,k=8,tol=0.2,data=gal,verbose=FALSE))$disp (galaxy.np9 <- alldist(v1000~1,random=~1,k=9,tol=0.06,data=gal,verbose=FALSE))$disp ################################################### ### chunk number 10: ################################################### summary(galaxy.np4u <- alldist(v1000~1, random=~1, k=4, tol=0.5, data=gal, lambda=1, verbose=FALSE)) ################################################### ### chunk number 11: eval=FALSE ################################################### ## plot(galaxy.np4u, plot.opt=15, height=5) ################################################### ### chunk number 12: ################################################### plot(galaxy.np4u, plot.opt=15) ################################################### ### chunk number 13: ################################################### (galaxy.np8us <- alldist(v1000~1, random=~1, k=8, tol=0.5, data=gal, lambda=1, verbose=FALSE, spike.protect=TRUE)) galaxy.np8us$sdev$sdevk ################################################### ### chunk number 14: ################################################### (galaxy.np8ud <- alldist(v1000~1, random=~1, k=8, tol=0.5, data=gal, lambda=0.99)) galaxy.np8ud$sdev$sdevk ################################################### ### chunk number 15: ################################################### par(mfrow=c(1,1), cex=0.65) tolfind(v1000~1, random=~1, k=8, data=gal, lambda=1, find.in.range=c(0.0,0.6), steps=12, plot.opt=0, verbose=FALSE, noformat=TRUE)[c(3,4)] ################################################### ### chunk number 16: ################################################### data(fabric, package="gamlss") (faults0 <- glm(y ~ 1, family=poisson(link=log),data=fabric)) (faults1 <- glm(y ~ x, family=poisson(link=log),data=fabric)) ################################################### ### chunk number 17: ################################################### (faults.g1<- alldist(y ~ x, family=poisson(link=log), random=~1, data= fabric,k=1, random.distribution="gq")) (faults.g2<- alldist(y ~ x, family=poisson(link=log), random=~1, data= fabric,k=2, random.distribution="gq")) (faults.g3<- alldist(y ~ x, family=poisson(link=log), random=~1, data= fabric,k=3, random.distribution="gq",verbose=F)) ################################################### ### chunk number 18: ################################################### faults.g1$dev ################################################### ### chunk number 19: ################################################### (faults.np2<- alldist(y ~ x, family=poisson(link=log), random=~1, data= fabric,k=2, random.distribution="np")) (faults.np3<- alldist(y ~ x, family=poisson(link=log), random=~1, data= fabric,k=3, random.distribution="np",verbose=F)) ################################################### ### chunk number 20: ################################################### predict(faults.g2, type="response",newdata=fabric[1:6,]) ################################################### ### chunk number 21: ################################################### predict(faults.g2, type="response")[1:6] ################################################### ### chunk number 22: ################################################### data(rainfall, package="forward") rainfall$x<-rainfall$Rain/1000 rainfall$x2<- rainfall$x^2; rainfall$x3<- rainfall$x^3 ################################################### ### chunk number 23: ################################################### (toxo.np<- alldist(cbind(Cases,Total-Cases)~1, random=~1, data=rainfall, k=3, family=binomial(link=logit))) ################################################### ### chunk number 24: ################################################### toxo.np$disparity ################################################### ### chunk number 25: ################################################### (toxo.npx<- alldist(cbind(Cases,Total-Cases)~x, random=~1, data=rainfall, k=3, family=binomial(link=logit))) ################################################### ### chunk number 26: ################################################### (toxo.npxx<- alldist(cbind(Cases,Total-Cases)~x, random=~x, data=rainfall, k=3, family=binomial(link=logit))) ################################################### ### chunk number 27: ################################################### round(t(toxo.np$post.prob),digits=2) plot(toxo.np, plot.opt=3) ################################################### ### chunk number 28: ################################################### round(toxo.ebp<-toxo.np$ebp,digits=3) round(exp(toxo.ebp)/(1+exp(toxo.ebp)),digits=4) ################################################### ### chunk number 29: ################################################### predict(toxo.np, type="response") ################################################### ### chunk number 30: ################################################### fitted(toxo.np) ################################################### ### chunk number 31: ################################################### predict(toxo.npx,type="response",newdata=data.frame(x=2)) ################################################### ### chunk number 32: ################################################### data(hosp) (fitnp3<- alldist(duration~age+temp1, data=hosp,k=3, family=Gamma(link=log),tol=0.2)) ################################################### ### chunk number 33: ################################################### fitnp3$shape ################################################### ### chunk number 34: ################################################### (fitnp3e<- alldist(duration~age+temp1, data=hosp,k=3, family=Gamma(link=log),tol=0.2,shape=1)) ################################################### ### chunk number 35: ################################################### data(Oxboys, package = "nlme") Oxboys$boy <- gl(26,9) plot(Oxboys$age[Oxboys$boy==1],Oxboys$height[Oxboys$boy==1],ylim=c(125,175),type='b',pch=1,xlab='age',ylab='height') for (i in 2:nlevels(Oxboys$Subject)){lines(Oxboys$age[Oxboys$boy==i],Oxboys$height[Oxboys$boy==i], pch=1,type='b',col=i)} ################################################### ### chunk number 36: ################################################### (Oxboys.g20 <- allvc(height~age,random=~1|boy,data=Oxboys,random.distribution='gq',k=20)) ################################################### ### chunk number 37: ################################################### (Oxboys.np7 <- allvc(height~age,random=~1|boy,data=Oxboys,random.distribution='np',k=7)) (Oxboys.np8 <- allvc(height~age,random=~1|boy,data=Oxboys,random.distribution='np',k=8)) ################################################### ### chunk number 38: ################################################### plot(Oxboys.np8, plot.opt=2) ################################################### ### chunk number 39: ################################################### (Oxboys.np8s <- allvc(height~age,random=~age|boy,data=Oxboys,random.distribution='np',k=8)) ################################################### ### chunk number 40: ################################################### Oxboys.np8$Disp-Oxboys.np8s$Disp ################################################### ### chunk number 41: ################################################### plot(Oxboys.np8, plot.opt=2) ################################################### ### chunk number 42: ################################################### data(irlsuicide) ################################################### ### chunk number 43: ################################################### citation(package="npmlreg") ################################################### ### chunk number 44: ################################################### ls("package:npmlreg")